Вернуться на сайт    

Начать новую тему Ответить на тему
Не в сети
 28 июн 2013, 09:26
 
 
Начинающий
Начинающий
 
Группа: Пользователи

Сообщений: 17
Регистрация: 18.03.2013
Из: Азербайджан



Изображение
Промокашка: Это и я так могу! Ты мне лучше «Мурку» сыграй!

Сразу скажу, что мануал к программе MURKA в своё время уже был написан её автором. Однако тот мануал ориентирован на ограниченное число б-гоизбранников, понимающих мудрёный программерский язык, поэтому для простых людей был написан этот мануал.

Итак, начнём. Нашей целью является построение из кучки поциентских гаплотипов филогенетического деревца. (Будем считать, что вы уже знаете, что такое гаплотип и филогенетическое древо).

Поэтому под руками надо иметь:
1) Экселевский файл с гаплотипами (например Haplotypes.xls)
2) Дистрибутив Мурки – проги, которая строит деревья. Дистрибутив для Win32 взять тут, а для Win64 - здесь. Сам автор пользуется версией под Win32, и поэтому мануал написан для него. Впрочем, как говорит один из сведущих б-гоизбранников, для Win64 всё примерно тоже самое.
3) Дистрибутив Графвиза (мною использовался graphviz-2.20.2.exe) – прога, которая придаст вашему унылому дереву более приличный вид. Можете прямо сразу её и проинсталлировать.

_________________
Мы несём ту же гаплогруппу, что и наши предки за тысячи лет до нас. Наши потомки будут нести её же через тысячелетия после нас.

Y-гаплогруппа - это то единственное, что непрерывно связывает с нас предками сквозь столетия.


^
   
 
Не в сети
 28 июн 2013, 09:28
 
 
Начинающий
Начинающий
 
Группа: Пользователи

Сообщений: 17
Регистрация: 18.03.2013
Из: Азербайджан



Распакуйте Мурку на жёсткий диск в отдельную папку. Например: D:\Murka.
Начинаем готовить файл с гаплотипами. Допустим, у вас есть экселевский файл с выборкой из 67-маркёрных гаплотипов в формате FTDNA.

Важно: для обозначения гаплотипов используйте только латинские буквы и/или цифры! Ivanov вместо Иванов и т. п.! Не используйте пробелы в обозначении гаплотипов! файл не должен содержать пробелов!

Помимо того, что фамилии поциентов должны быть на стандартной латинице и без пробелов, они ещё и не должны повторяться. То есть если у вас в выборке три Ивановых, то их надо обозначить как Ivanov1, Ivanov2, Ivanov3. Или как-то иначе, как фантазия подскажет. Главное, чтобы не было двух одинаковых обозначений.

Допустим, вы сваяли файл с гаплотипами как надо. Чтобы Мурка могла обработать ваши унылые гаплотипы можно поступить двояко.

Зайдите на этот сайт.

Скопируйте ваши гаплотипы и их обозначения в соответствующее поле, выставите настройки согласно этому рисунку и нажмите кнопку Execute:
В появившемся новом окне под таблицей будет форма с гаплотипами в формате ych.
Скопируйте содержимое этой формы в текстовый файл. Затем удалите оттуда все строки, лежащие над фамилией/обозначением первого гаплотипа. В нашем случае это Ivanov. После этого вставьте над первым гаплотипом три строки. В первой – обозначения маркёров, во второй – их веса, третья строка остаётся пустой. Первую и вторую строку можно взять прям отсюда:
393,390,D19,391,385a,385b,426,388,439,3891,392,3892,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395a,395b,590,537,641,472,406,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565
10,6,7,9,6,4,99,14,5,7,21,4,3,19,13,51,30,4,18,10,2,6,5,5,5,6,7,13,9,4,6,2,2,2,2,5,19,23,58,27,19,83,10,29,99,7,9,11,5,6,4,21,71,45,3,50,4,3,6,4,13,17,10,11,30,28,18

Сохраняем текстовый файл, например Haplotypes.txt, меняем его расширение с Haplotypes.txt на Haplotypes.ych и закидываем его сюды: D:\Murka\data\seq

Итак, ваш ych-файл с гаплотипами готов.

После этого в папке D:\Murka находим файл runych2rdf.bat, выделяем его, правая кнопка мыши-->Изменить. Открыв файл в блокноте, вписываем в соответствующие места имя нашего файла "data\seq\ Haplotypes.ych" -o "data\seq\Haplotypes.rdf". Сохраняем.

Далее двойным кликом запускаете файл runych2rdf.bat. Если всё сделано правильно, то в папке D:\Murka\data\seq появится файл Haplotypes.rdf.

После этого по аналогии изменяете файл runmjstr.bat (он лежит в корневой папке) и прописываете название своего rdf-файла (Haplotypes.rdf).
Запускаете runmjstr.bat для расчёта.

По окончании расчёта запускаете ранее установленную программу Graphviz, в которой открываете файл nw_mp_1.dot, лежащий в директории d:\Murka\nw\viz.
После открытия файла нажмите пиктрограмму Settings и выставите настройки Layout Engine: dot. Настройки Output file type и Output file name – на ваше усмотрение.

Далее жмём ОК. Ваше древо готово.

_________________
Мы несём ту же гаплогруппу, что и наши предки за тысячи лет до нас. Наши потомки будут нести её же через тысячелетия после нас.

Y-гаплогруппа - это то единственное, что непрерывно связывает с нас предками сквозь столетия.


^
   
 
Найти:
Начать новую тему Ответить на тему


Кто сейчас на форумах

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  

cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group